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工业上一般壳聚糖在利用生物酶法降解后，直接进行喷雾干燥，得到的壳寡糖产品分子量分布普遍较宽，其中含有一些未充分降解的壳聚糖大分子、壳聚糖降解酶类、无机盐、酸根离子及单糖、二糖等生物活性较低的糖，还有原料壳聚糖中带有的一些杂质组分等，这些成分会影响壳寡糖的纯度，进而影响壳寡糖的使用价值。为了得到壳三糖-壳六糖含量较高的壳寡糖产品，必须选择合适的分离纯化手段对酶解液进行纯化。由于壳寡糖分子中含有较多的氨基和羟基，其分子间或分子内作用较强，分离纯化相对较困难。目前，壳寡糖的分离纯化方法主要有：膜分离法、凝胶渗透色谱法、薄层色谱法和离子交换色谱法等。
水溶性壳寡糖提纯和浓缩的方法，具有以下步骤：(1)将100l壳寡糖降解液(壳聚糖含量约3.0％)通过孔径为50nm的多孔道氧化铝陶瓷膜进行过滤预处理，去除未降解壳聚糖和其它不溶物杂质，得到95.0l透过液；(2)采用截留分子量为8000da的聚砜卷式超滤膜进一步对陶瓷膜透过液提纯，去除大分子多糖和其它杂质，得到90.0l超滤透过液；(3)采用截留分子量为500da聚酰胺卷式纳滤膜对超滤透过液进行浓缩-加水四级分离浓缩(即浓缩-加水-浓缩-加水-浓缩-加水-浓缩)，浓缩比例为3倍，加水比例为2倍，去除无机盐和单糖，结果得到30.0l壳寡糖纳滤浓缩液；(4)对**终浓缩的壳寡糖浓缩液进行喷雾干燥，得到2.21kg高纯度的壳寡糖粉末，得率为70.7％。
