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装盘前先将育苗基质倒在洁净的塑料布或水泥地面上，注意基质应该选用无无虫卵、无杂质，有良好的保水性和透气性的。其水分含量达到手握成团，齐胸落地即散的程度，否则基质过湿容易导致装填过实，过干容易因装填不实导致苗穴底部搁空，基质不能与营养液接触，形成。
随后再将育苗基质铲放在育苗盘上，用木片将基质推入育苗穴中，育苗盘，装填量不能过大，将苗盘装满刮平即可。如果基质颗粒较细，50孔育苗盘，应适当装松一些，扦插育苗盘，否则就应装紧一些。需要强调的是，不能在发病的蔬菜田装盘。
育苗盘节省种子用量，降低生产成本。出苗整齐，保持植物种苗生长的一致性，能与各种手动及自动播种机配套使用，便于集中管理，提高工作效率。移栽时不损伤根系，
基质的选择很重要，基质应具备质地疏松、保水保肥性好、有机质丰富等特点，目前多是将草炭土、蛭石按照2:1的比例配制，也可以将草炭土、蛭石、珍珠岩按照3:1:1的比例配制。为了避免土壤中有病菌的残留，西红柿育苗盘，还要进行消毒
穴盘的深度
现阶段的穴盘深度在3-5厘米左右，穴盘深度越深，越有利于根系生长和水分的吸收，其根系长得越好，缺点就是需要的基质会多一点。现在市场上也出现了苗木的加深穴盘，其深度达到了9-11厘米，对于大苗培育的品种可以使用，例如草莓苗等。
增加育苗密度，便于集约化管理，提高温室利用率，降低生产 成本。
由于统一播种和管理，使小苗生长发育一致，提高种苗品质， 有利于规模化生产。
采用穴盘育苗培育的秧苗具有苗龄短、幼苗整齐、健壮、无病虫害、定植后还苗快等优点。利用穴盘可集中育苗、统一管理，便于集中管理，育苗时期不受环境限制，既可大批量育苗，又可节省劳力。
各穴孔填充程度要均匀一致，否则基质量较少的穴孔干燥的速度比较快，从而使水分管理不均衡
