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在设计前，应了解流程类型，并采用合适的入口风速。在PCR实验室净化，如果风速太低，有害气体可能无法完全消除；风速过高会增加能耗，影响柜内工艺操作，如电炉正常加热，溶剂蒸发加速。通风柜应根据不同种类的测试分成不同的系统。一般每个PCR实验室净化系统至多只能有四个通风柜，注意不要把强酸、强氧化剂和易燃易爆系统混在一个PCR实验室净化系统中。尽量使用补风通风柜，可以减少70%左右的排烟热损失。
实验室净化工程之所以干净，首先是通过一种特殊的工艺阻断空气与使用空间的自由交流，然后通过人工的手段将空气输送到使用空间。当然，新鲜空气和浑浊空气都要运到这里。所谓浊气，就是将使用空间内的空气输送到外界并经过处理使之成为洁净空气，再输送回使用空间。原理可以用下面的流程图简单说明:气流_一次空气处理_空调_+中间空气处理_+风机送风_净化管道_高效送风口-洁净室-除尘-回风风道-新风和一次空气处理。
实验室净化工程不仅起到保护实验样品安全的作用，也是保证实验成功和实验人员安全的重要措施之一。实验室净化工程是将实验室的某一区域开辟出来，专门用于建造空气洁净，对实验环境要求相对较高的实验室或无菌室。实验室净化工程系统其实和传统的洁净室系统差不多，只是洁净室的压力、微生物控制、温湿度控制比工业洁净室更严格。常见的实验室净化工程装修材料有夹层彩钢板、钢化玻璃、防火板等。洁净实验室必须按照洁净室施工及验收标准，采用密封性好、不产生粉尘的材料进行隔断和吊顶装修。洁净实验室的通风系统一般采用组合式空调机组。
