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洁净实验室使用的空调通风系统主要由空气处理设备、粗高效过滤器、空气输送设施和局部净化设备组成，它们的类型和功能各不相同。空气处理设备:一般空气处理设备是由空调(AHU)、新风机组(MAU)、循环机组(RAU)组成的成套机组，常用于空调净化系统中的空气热湿交换和空气净化处理。适合有一定规模的实验室净化工程，但是需要其他过滤器和净化装置的整体配合，所以投资比较高。相对较小的实验室空气处理设备由分立的小型设备组成，比如利用冷暖空调作为冷热源，对空气的温湿度进行简单的处理，然后配备风机过滤机组(FFU)对空气进行净化，这是一种相对简单的净化方案。
洁净实验室净化路线分为个人净化和物质净化。个人净化是指更换干净衣服、淋浴、沐浴、消毒等个人净化措施。在人员进入清洁区之前。物质净化是指各种物体在进入洁净区之前都必须进行净化，物质净化路线要与个人净化路线区分开来。物质净化要分粗净化和精净化两个阶段进行，在这个过程中会吹掉很多微小颗粒，所以洁净区要保持负压或零压状态。洁净实验室中各种管道的布局非常复杂。洁净实验室中的通风管道设计规划布局一般采用隐蔽式组织模式，技术类或技术类挡道。
实验室净化工程不仅起到保护实验样品安全的作用，也是保证实验成功和实验人员安全的重要措施之一。实验室净化工程是将实验室的某一区域开辟出来，专门用于建造空气洁净，对实验环境要求相对较高的实验室或无菌室。实验室净化工程系统其实和传统的洁净室系统差不多，只是洁净室的压力、微生物控制、温湿度控制比工业洁净室更严格。常见的实验室净化工程装修材料有夹层彩钢板、钢化玻璃、防火板等。洁净实验室必须按照洁净室施工及验收标准，采用密封性好、不产生粉尘的材料进行隔断和吊顶装修。洁净实验室的通风系统一般采用组合式空调机组。
