发酵工程的应用范围工业，食品工业，能源工业，化学工业，农业：改造植物基因；生物固氮；工程杀虫菌生物农药；微生物养料。环境保护等方面。
工厂化生产，取决于你需要生产的品种。通用的仪器一般有冰箱，灭菌锅，、三角瓶和摇床，无菌操作间，离心机，压滤机，小发酵罐（种子罐），大型发酵罐+蒸汽管道等等。
利用鸡粪的生产有机肥不但解决了大量鸡粪堆积对环境造成的污染，也为农业发展提供必要的绿色有机肥，因此，鸡粪有机肥的生产为解决规模鸡场鸡粪可能对环境造成的危害找到了一条比较切实有效的途径。目前，一般是采用传统的堆肥法发酵生产有机肥，但是这种方法需要的时间都较长，氮素流失严重、肥力不稳定，而且在处理过程中还会对周围环境产生污染。
微生物发酵罐主要是结构包含釜体、拌和设备、传热设备、轴封设备，当然其他一些的附件也不能少，比方装焊人孔，手孔以及各种接收，这些附件可以在操作过程中准确的监督和操控物料的温度、压力等，罐体是由简体和两个封头组成，为物料的化学反应供给了一定的空间，传热设备是在罐体内部设置蛇管或者在釜体的外部设置夹套，目的是操控物料温度在所需的规模之内;拌和设备是由传动设备，拌和轴和拌和器组成，它的效果是参加反应的各种物料均匀混合，使物料很好地接触，加快进行化学反应。
