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生物有机肥能促进化肥的利用，提高化肥利用率；化肥单独使用易造成养分的固定和流失。生物有机肥相比精制有机肥的优势精制有机肥是畜禽粪便经过烘干、粉碎后包装出售的商品有机肥。生物有机肥完全腐熟，不烧根，不烂苗；精制有机肥未经腐熟，复合微生物菌肥厂家，直接使用后在土壤里腐熟，会引起烧苗现象。生物有机肥相比化肥的优势生物有机肥营养元素齐全；化肥营养元素只有一种或几种。生物有机肥能够改良土壤；化肥经常使用会造成土壤板结。生物有机肥能提高产品品质；化肥施用过多导致产品品质低劣。生物有机肥能改善作物根际微生物群，提高植物的抗病虫能力；化肥则是作物微生物群体单一，易发生病虫害。
在微生物菌剂中有益微生物产生糖类物质，与植物粘液、矿物胚体及有机胶体相结合，可以改善土壤团粒结构，有效地破坏土壤板结，促进团粒结构的形成，改善土壤通气状况，促进有机质、腐殖酸和腐殖酸的生成。微生物菌剂是一种营养转换剂，土壤中的微生物在物质和能量的输入、输出过程中起着非常重要的作用，农业微生物菌肥厂家，是物质循环的重要环节，活化土壤有机和无机营养物质，复合微生物菌肥厂家，分解有机物，释放营养物质，海南微生物菌肥厂家，提高养分利用率。
和有机肥配合使用，能够持续不断的改良土壤，2-3年就可使土壤完全达到生产有机作物的标准，且因为有益菌能够快速分解有机物质为作物吸收，所以克服了有机肥料肥效慢的特点，单施有机肥产量低的特点。生物菌肥不像化肥那样，一次性将过量的可溶性营养元素带入土壤，生物菌肥可避免环境污染，且有益菌不断的在植物根系周围不断的繁殖代谢，持续地、非过量的向作物提供营养。
