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生物有机肥能促进化肥的利用，提高化肥利用率；化肥单独使用易造成养分的固定和流失。生物有机肥相比精制有机肥的优势精制有机肥是畜禽粪便经过烘干、粉碎后包装出售的商品有机肥。生物有机肥完全腐熟，不烧根，不烂苗；精制有机肥未经腐熟，直接使用后在土壤里腐熟，会引起烧苗现象。生物有机肥相比化肥的优势生物有机肥营养元素齐全；化肥营养元素只有一种或几种。生物有机肥能够改良土壤；化肥经常使用会造成土壤板结。生物有机肥能提高产品品质；化肥施用过多导致产品品质低劣。生物有机肥能改善作物根际微生物群，提高植物的抗病虫能力；化肥则是作物微生物群体单一，易发生病虫害。
化肥的大量使用，农业微生物土壤改良剂代理，还造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量。化肥的长期低效施用，往往造成土壤中某些元素的过分积累和土壤理化性质的变化及环境的污染。从中国大量使用化肥看，越使用化肥，地力就越下降，农业微生物土壤改良剂代理，就越依赖化肥，由此形成循环。化肥中不含有机质、腐殖质，因此大量使用化肥，土壤由于有机质和腐殖质的缺乏，土壤团粒结构遭到破坏，造成土壤板结，农植物产量下降。
粘土地一般含有机、无机胶体多，土壤保肥能力强，养分不易流失。但粘土供肥慢，施肥后也慢，复合微生物土壤改良剂代理，这种土壤“发老苗不发小苗”，肥效缓而长，阜阳微生物土壤改良剂代理，土壤紧实，通透性差，作物发根困难。这种土壤施用复合微生物肥料和生物有机肥，通过丰富的有机质和有益微生物的活动，增加通透性，提高保肥保水能力。这类土壤性质发阴，如施用少量未经腐熟的马粪配合复合微生物肥料和生物有机肥，效果会更好。
