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生物有机肥经除臭，气味轻，几乎无臭；精制有机肥未经除臭，返潮即出现恶臭。生物有机肥相比农家肥的优势生物有机肥完全腐熟，虫卵率达到95%以上；农家肥堆放简单，虫卵率低。生物有机肥无臭；农家肥有恶臭。生物有机肥施用方便，均匀；农家肥施用不方便，肥料施用不均匀。生物有机肥经高温腐熟，了大部分病原菌和虫卵，减少病虫害发生；精制有机肥未经腐熟，在土壤中腐熟时会引来地下害虫。生物有机肥中添加了有益菌，由于菌群的占位效应，复合微生物菌剂代理，减少病害发生；精制有机肥由于高温烘干，了里面的全部微生物。生物有机肥养分含量高；精制有机肥由于高温处理，造成了养分损失。
微生物肥料的作用主要是提供对作物生长有益的“微生物群落”，而不是“营养元素”。这些有益的微生物施到土壤中后，能产生各种不同作用。例如以固氮细菌为主的微生物肥料能通过细菌的活动，固定空气中的氮元素，供作物生长时吸收利用——即“固氮”作用；以解磷细菌为主的微生物肥料则通过细菌的活动，分解土壤中部分不能被作物吸收的磷元素，使磷从土壤中分解出来，盐城微生物菌剂代理，供作物生长时吸收利用——即“解磷”作用；以解钾细菌为主的微生物肥料主要作用是，通过细菌的活动，分解土壤中部分不能被作物吸收的钾元素，使钾从土壤中分解出来，供作物生长时吸收利用——即“解钾”作用。同时，微生物在土壤中的生活、活动，可产生很多代谢产物或分泌物，这些分泌物对作物的生长有刺激作用。
生物有机肥能促进化肥的利用，提高化肥利用率；化肥单独使用易造成养分的固定和流失。生物有机肥相比精制有机肥的优势精制有机肥是畜禽粪便经过烘干、粉碎后包装出售的商品有机肥。生物有机肥完全腐熟，不烧根，不烂苗；精制有机肥未经腐熟，直接使用后在土壤里腐熟，农业微生物菌剂代理，会引起烧苗现象。生物有机肥相比化肥的优势生物有机肥营养元素齐全；化肥营养元素只有一种或几种。生物有机肥能够改良土壤；化肥经常使用会造成土壤板结。生物有机肥能提高产品品质；化肥施用过多导致产品品质低劣。生物有机肥能改善作物根际微生物群，提高植物的抗病虫能力；化肥则是作物微生物群体单一，易发生病虫害。
