当温度升到100℃时关闭排气阀门，确保压力在0.2Mpa以内，直*温度升到125℃关闭蒸汽进气开关，蒸汽管道总进气阀稍微关小一点；打开进排开关，启动水泵，依次打开相关阀门将上罐中的水抽到下罐，上罐水不可全部抽完，水位在10-37x左右停止抽水、确认下罐水位，当水位在40-1250px时喷淋杀菌，水位在60-90时水浴杀菌。
对于立式杀菌锅，可以用压缩空气来促进水循环和确保充分的热分布。无论是对卧式还是立式杀菌锅，水都可以在杀菌锅内进行机械循环，用水泵来提供充分的热分布。在杀菌时，由于加热使罐头温度升高，罐头内压力会超过罐外（在锅内）的压力。因此，为了避免杀菌时玻璃瓶罐内增压而跳盖，对马口铁罐两端面凸出，必须施加反压力，特别是对需要较高杀菌温度的肉类罐头更就如此。
在杀菌时，由于加热使罐头温度升高，罐头内压力会超过罐外（在锅内）的压力。因此，为了避免杀菌时玻璃瓶罐内增压而跳盖，对马口铁罐两端面凸出，必须施加反压力，特别是对需要较高杀菌温度的肉类罐头更就如此。
杀菌锅由锅体、锅盖、开启装置、锁紧楔块、安全联锁装置、轨道、灭菌筐、蒸汽喷管及若干管口等组成。锅盖密封采用充气式硅橡胶耐温密封圈，密封可靠，使用寿命长。
由于锅内温度下降，蒸汽冷凝，而使锅内力降低采用压缩空气的压力来补偿。在杀菌过程中，应注意初排气，进而泄汽，使蒸汽流通。亦可每隔15－20分钟放气一次，促进热换。总之必须满足杀菌条件的规定，按一定程序进行，杀菌温度的高低，杀菌压力的大小，杀菌时间的长短和操作方法等均由罐头产品杀菌工艺作出具体规定。
系统使用某种介质（称为加热介质或杀菌介质）作为向产品传递热量的工具。用于锅内的介质包括纯蒸汽、热水（容器全部浸没在水中、水喷雾或水喷淋）和蒸汽/空气混合物。
