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污染的监测
一个好的实验室,要时刻注意污染的监测,考虑有无污染是什么原因造成的污染,以便采取措施,防止和消除污染。
1、阳性对照:在建立PCR反应实验室及一般的检验单位都应设有PCR阳性对照,它是PCR反应是否成功、产物条带位置及大小是否合乎理论要求的一个重要的参考标志。阳性对照要选择扩增度中等、重复性好,经各种鉴定是该产物的标本,如以重组质粒为阳性对照,其含量宜低不宜高(100个拷贝以下)。但阳性对照尤其是重组质粒及高浓度阳性标本,其对检测或扩增样品污染的可能性很大。因而当某一PCR试剂经自己使用稳定,检验人员心中有数时,在以后的实验中可免设阳性对照。
2、阴性对照:每次PCR实验务必做阴性对照。它包括:
(1)标本对照:被检的标本是血1清就用鉴定后的正常血1清作对照;被检的标本是组织细胞就用相应的组织细胞作对照。
(2)试剂对照:在PCR试剂中不加模板DNA或RNA,进行PCR扩增,以监测试剂是否污染。
3、重复性试验。
4、选择不同区域的引物进行PCR扩增。
PCR反应五要素
参加PCR反应的物质主要有五种即引物(PCR引物为DNA部分片段,细胞内DNA复1制的引物为一段RNA链)、酶、dNTP、模板和缓冲液(其中需要Mg2 )。
[PCR步骤]标准的PCR过程分为三步:
1.DNA变性(90°C-96*C): 双链DNA模板在热作用下,氢键断裂,形成单链DNA
2.退火(25C-65"C): 系统温度降低,引物与DNA模板结合,形成局部双链。
3.延伸(70°C-75*C): 在Taq酶(在72C左右,活性zui佳)的作用下,PCR Buffer,以dNTP为原料,从引物的5"端→3"端延伸,合成与模板互补的DNA链。
每一循环经过变性、退火和延伸,DNA含量即增加一倍。现在有些PCR因为扩增区很短,即使Taq酶活性不是zui佳也能在很短的时间内copy完成,因此可以改为两步法,即退火和延伸同时在60°C -65C间进行,以减少一次升降温过程,提
高了反应速度。
竞争性PCR(competitive PCR, c-PCR技术
c-PCR技术是竞争cDNA模板与目的cDNA同时扩增.使用同样的引物,但一经扩增后。能从这些目的cDNA区别开来。通常使用突变性竞争cDNA模板.其序列与目的cDNA序列相同.不过模板中仅有一个新内切位点或缺少内切位点突变性的cDNA模板可用适当的内切酶水解,并用分光计测定其浓度。cDNA目的序列和竞争模板相对应的含量.可用澳化乙锭染色.电泳胶直接扫描进行测定或掺入放1射性同位素标记的方法测定。竞争模板开始时的浓度是已知的.则cDNA目的序列的zui初浓度就能测定。这种方法能准确测定mRNA中cDNA靶序列.可用于几个到10个细胞中mRNA的定量。