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改造研究的应用领域主要包括：
改造控制生长速度的微生物基因组，微生物饲料添加剂，使微生物细胞更快地生长，利用快速生长的微生物菌株生产大宗化工产品，提高 生物过程相对于化工过程的竞争性。
限制细胞群体效应，使发酵能达到更高的密度，提高生物产品单位时间和单位体积的生产效率。
实现跨种属染色体在一个细胞共存，使细胞具有多种功能（特别是利用纤维素快速生长获得目标产物）。
开发（发明）一种普适的构建小基因组微生物底盘的技术，在此基础上整合获得功能性代谢路径，用于可控制造各种生物化工产品；
母猪型发酵料：
母猪的救星。母猪型发酵料含大量的益生菌调理肠道，提高饲料的消化利用率；预防母猪产前产后，饲料添加剂，母猪食用后亦...
奶牛发酵饲料：
奶牛发酵饲料能够弥补常规饲料中易缺乏的氨基酸，增强饲料的吸收消化率；饲料中含有大量活菌、消化酶等物质，能调整和提高奶牛的机体能力，提高饲料的转化利用率；提高奶牛的力，达到防治疾病、提高奶牛的产奶量和牛奶的品质、促进成长，降低养殖成本。
发酵饲料在微生物的作用下可降解饲料原料中的纤维素、蛋白质、脂肪等大分子物质，产生有机酸、肽、多糖小分子物质。饲喂发酵饲料可提高动物力、改善肠道健康状况、降低动物腹泻率、提高饲料消化率，牛饲料添加剂，同时发酵饲料适口性较好，能促进动物采食。
发酵饲料的缺点：
虽然发酵饲料的效果已经被确认，新型饲料添加剂，但由于产品生产没有统一的标准、发酵质量不稳定、运输难等原因，目前发酵饲料的应用仍面临着诸多问题。而且现有的发酵饲料技术存在急需解决的瓶颈，如发酵饲料选择与生产工艺复杂、机械化、水平低、制造成本高、装备落后等。
