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在种苗生产过程中重要的工作是水分管理。
尤其是四角和盘边的孔穴，一定要与中间的孔穴一样，基质不能装的过满，装满后各个格室应能清晰可见。
穴盘苗生产水分管理一般以子叶展开为分界线。
在子叶展开之前的水分管理比较简便，即要穴孔基质的下半部一直保持湿润。仅仅控制穴孔上半部分基质的干湿交替即可。
穴盘的颜色也影响着植株根部的温度。一般冬春季选择黑色穴盘，因为可以吸收更多的太阳能，使根部温度增加。
经过清洗并消毒的穴盘，亦可以重复使用
各穴孔填充程度要均匀一致，否则基质量较少的穴孔干燥的速度比较快，从而使水分管理不均衡，播瓜类等大粒种子的穴孔基质不可太满；
改善劳动环境，育苗盘，便于手工操作。可坐在温室的休息室内，把穴盘放在操作台上，往穴盘里播种或分苗。作业后放到温室里。
有效地遏制了土壤病害的蔓延。由于播种时1穴1粒，分苗时1穴1株，蔬菜育苗盘，互相间被隔开，土壤病害不能蔓延。
播种：将种子点在压好穴的盘中，塑料育苗盘，每穴一粒，避免漏播，发芽率偏低的种子每穴播2粒。
覆盖基质：播种后用蛭石覆盖穴盘，方法是将蛭石倒在穴盘上，用刮板从穴盘的一方刮向另一方，去掉多余的蛭石，覆盖蛭石不要过厚，与格室相平为宜。
育苗盘节省种子用量，降低生产成本。出苗整齐，保持植物种苗生长的一致性，能与各种手动及自动播种机配套使用，便于集中管理，提高工作效率。移栽时不损伤根系，缓苗迅速，成活率高。
播种后初次浇水：
两个选择方案：种子在苗床上萌发，要先浇少量的水，花卉育苗盘，待穴盘全部移至苗床后，再浇一下次透水。若种子在催芽室或简易催芽空间（草苫覆盖保湿后），那么在进入催芽室之前要浇透水。建议用雾化喷头或喷水细密的喷头。
