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如果接种厌氧颗粒污泥，少量颗粒污泥经泵吸接种后会分解，在后续的生物启动过程中会从厌氧反应器中流失。根据经验，损失量约为接种量的5%。在计算厌氧污泥接种量时，必须考虑到这部分损失。当厌氧反应器需要启动时，如果要处理的有机负荷小于反应器的大处理负荷，则可根据待处理有机物总量计算相应的厌氧污泥量，升流式厌氧污泥，而不需要充分接种，从而降低厌氧污泥的购买成本。厌氧颗粒污泥因其优于絮状污泥的沉降性及高的污泥浓度，抗水力负荷和冲击负荷的能力大大增强，使得第三代厌氧生物反应器的发展应用成为可能，对厌氧水处理工艺有着巨大的贡献。
通常，需要通过试验来确定颗粒污泥的产活性。目前，国内的运行项目中，运行较好的IC反应器，颗粒污泥产活性可达1kgCOD/kgVSS.d，当运行在0.6-0.8 kgCOD/kgVSS.d时，有很好的颗粒污泥增殖速度。好的颗粒污泥有良好的沉降速度，取1L的量筒，加清水至刻度线，将颗粒污泥少量加入，计算从1L刻度线沉到底部的时间，啤酒废水厌氧污泥，从而计算颗粒污泥的沉降速度，颗粒厌氧污泥，一般在20-80m/h的速度都能满足要求。
表面发白、暗白色或灰色的颗粒污泥可能放置的时间较长，济宁厌氧污泥，其活性和重新恢复活性的速度，明显不如反应器直接排出的颗粒污泥活性高，在启动时，投加量也应更多，启动时间会更长。颗粒污泥形成的原因必定是微生物互利共生作用的结果，每一个污泥颗粒都是一个或者许多个微小的“生态群落”，不同类型的微生物之间通过“相互吸引”“相互追求来”来形成聚集体-颗粒。在厌氧反应器中接种污泥的数量直接关系到反应器的类型和大小。以第三代厌氧内循环反应器IC为例，厌氧颗粒污泥的大接种量约为IC反应器有效容积的50-55%，而其他类型厌氧反应器的接种量相对较小，接种量约为IC反应器有效容积的50-55%。
