灭菌物品要完全清洗和恰当预湿。消毒清洗是灭菌前不可忽视的一个重要环节，特别是可重复使用的物品与器件，需完全清洁和漂洗，清除黏膜、血迹或其他有机物。任何残留的物质都会阻碍微生物与环氧乙烷气体的有效接触，甚至会使发生保护膜而影响灭菌作用，所以受污染物品必须细心流水清洗后，用酶浸泡>5min。
环氧乙烷灭菌器所 使用的灭菌方式，主要 应用于对那些不宜用其他方法灭菌的、热敏感的产品或部件。在制药行业中常用于无菌生产的部件和用品的灭菌，也用于给药器械的终灭菌，例如：环氧乙烷灭菌用于某些物品的无菌制造工艺，如塑料瓶或管、橡胶塞、塑料塞和盖。环氧乙烷灭菌用于有终包装的成品。这些产品主要是塑料或橡胶的给药器械。环氧乙烷灭菌也用于工艺设备，如在制造区内所使用的冻干机。含氯的物品及能吸附环氧乙烷的物品则不宜使用本法灭菌。气态环氧乙烷易燃易爆，应保持在特别的安瓿或耐压金属罐中。环氧乙烷灭菌器应安装在无菌环境中，距离压缩空气较近处。该环境中要设置排风扇，及时排除弥散在空气当中的环氧乙烷气体。用环氧乙烷灭菌的物品须用特制的标准纸塑包装。包内放指示卡。消毒日期一般为1-2年。如消毒各类物品，特别是各种管道必须保证干燥，防止因有水而达不到灭菌效果。凡油类物品严禁用环氧乙烷灭菌器灭菌。因达不到灭菌目的。
环氧乙烷灭菌器主要运用于器械，口罩，防护服，生产过程中的灭菌消毒，环氧乙烷灭菌器是一种低温灭菌设备，不损害灭菌的物品且穿透力很强，故多数不宜用一般方法灭菌的物品均可用环氧乙烷消毒和灭菌。例如，电子仪器，光学仪器，器械，内镜，透析器和一次性使用的诊疗用品等。
环氧乙烷灭菌的优点
能杀灭所有微生物，包括芽孢、结核杆菌、、病毒、等。
灭菌物品可以被包裹、整体封装，可保持使用前呈无菌状态。
相对而言，环氧乙烷不腐蚀塑料、金属和橡胶，不会使物品发生变黄变脆。
能穿透形态不规则、结构复杂、不易通透的物品（如又长又细的导管），进行灭菌。
可用于那些不能用消毒剂浸泡，干热、压力、蒸汽及其他化学气体灭菌之物品的灭菌。
