环氧乙烷灭菌器主要运用于器械，口罩，防护服，生产过程中的灭菌消毒，环氧乙烷灭菌器是一种低温灭菌设备，不损害灭菌的物品且穿透力很强，故多数不宜用一般方法灭菌的物品均可用环氧乙烷消毒和灭菌。例如，电子仪器，光学仪器，器械，内镜，透析器和一次性使用的诊疗用品等。
不同的产品和设备，环氧乙烷灭菌的时刻也会不一样。一般需求把产品送进环氧乙烷消毒柜，消毒6个小时以上。别的一个知识点：经环氧乙烷灭菌后的产品还不能立刻投入运用，需求通过一段时刻的排气措施，也便是网上所说的安全解析期。在环氧乙烷气体残留值到达国标允可的范围内后，才干正式地出厂，进入产品流转环节。
因为环氧乙烷是一种消毒灭菌效果较好的低温化学消毒剂，常温下穿透作用良好。由于环氧乙烷对畏热、畏湿和畏压的器械和卫生用品无损害，从20世纪50年代起就开始用于医院消毒。目前，发达国家的环氧乙烷灭菌已占灭菌总量的52.2%。
在我国一些大中城市的单位采用环氧乙烷灭菌还只是近十几年的事，较多环氧乙烷灭菌操作人员没有经过消毒管理部门的培训，没有接受系统的环氧乙烷特性与危害教育，只是通过设备供应者的操作示或“师傅带徒弟”的口授后上岗。同时，因管理人员缺乏环氧乙烷相关知识和防护意识，导致多数环氧乙烷消毒室没有配备防护设备和劳保用品，操作人员可能长期暴露在低浓度环氧乙烷环境和慢性接触。由于操作人员无畏，一旦出现环氧乙烷泄漏、中毒和火灾等重大事故就会束手无策。或者因为灭菌后解析时间不够，造成灭菌室内有害气体排放不彻底从而使浓度含量过高。而有害气体报警器，能够当空气中检测到气体浓度过高时，报警器本身可以或者通过控制主机在时间发出报警信号，从而有效的避免空气中的有害气体浓度过高而发生中毒事故。
