GPMAW软件教程之中文教程 诚信代理
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行 业:IT 软件 OA办公自动化
发布时间:2021-08-26
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以上显示的,可以有多种配置方式:
显示1个或3个字母
平均质量/单同位素质量
固定残留物宽度
带有序列信息的提要栏
显示二硫化物桥、改性残留物等
通过突出显示部分序列,您可以轻松获得给定肽的质量。为了便于导航,您可以使用特定颜色的残留物(提供三种不同颜色和下划线)。大多数设置可以很容易地在系统设置框中预先设置。
序列窗口形成父窗口,从中可以创建大量派生子窗口:
肽窗口
MS/MS窗口
批量搜索、合成搜索
图表:疏水性、二级结构、电荷与酸碱度、点图、α螺旋轮
肽窗口
肽窗口通常通过自动摘要命令从序列窗口中调用。但是,也有其他方法,如手动或半自动分裂。
以及精美的图片都可以轻松完成。
GPMAW程序主要是作为蛋白质和多肽质谱分析的工具。然而,许多其他生物信息学工具也已经包含在内,因此该程序的使用远远超出了简单的质量分析。
该程序可以运行在Windows 2000(即2000,XP, Vista, Win7)以后的所有32位版本的Windows上。它也可以运行在当前的64位版本上,但是还没有在这个平台上进行完整的测试。它也可以在Mac系统的Windows虚拟机上运行,但不能保证完全兼容。
除了ms/ms搜索,该程序不需要强大的处理器或快速硬盘,可以在任何系统上运行。运行ms/ms搜索您需要一个SVGA+分辨率的屏幕,或者您可以在上网本上运行它。
程序内容
GPMAW的文档在帮助栏中提供,手册可以在下载。
The [1] displayed in the first pane indicates that only a single peptide has been highlighted. You can highlight multiple sequences by holding down the shift button while selecting additional regions. Up to three regions can be selected at a given time. The region covered will only be shown for the last selection, while the mass will be for the total..
The ‘Quickcolor’ button (the down-arrow next to the ‘Highlight’ button) opens a menu that enables you to color specific residues with a single click. The choice of selections cannot be changed by the user, but has been chosen to highlight the most common situations (e.g. highlighting R and K for a tryptic digest; C for identifying cross-links etc.).
It is also possible to highlight individual residues. This is done through the ‘Modify residue dialog’ (double-click on a residue and click on one of the colored frames at the bottom of the dialog box).
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