环氧乙烷灭菌器主要运用于器械，口罩，防护服，生产过程中的灭菌消毒，环氧乙烷灭菌器是一种低温灭菌设备，不损害灭菌的物品且穿透力很强，故多数不宜用一般方法灭菌的物品均可用环氧乙烷消毒和灭菌。例如，电子仪器，光学仪器，器械，内镜，透析器和一次性使用的诊疗用品等。
有关节器械需求拆开，管腔类器械需求超声震动。所需灭菌物品、包装材料、生物指示剂要在相对湿度50%的房间内放置>2h，塑料制品需求更多湿化，包装前过夜湿化，但外表不能有肉眼水滴。
灭菌物品要完全清洗和恰当预湿。消毒清洗是灭菌前不可忽视的一个重要环节，特别是可重复使用的物品与器件，需完全清洁和漂洗，清除黏膜、血迹或其他有机物。任何残留的物质都会阻碍微生物与环氧乙烷气体的有效接触，甚至会使发生保护膜而影响灭菌作用，所以受污染物品必须细心流水清洗后，用酶浸泡>5min。
在我国一些大中城市的单位采用环氧乙烷灭菌还只是近十几年的事，较多环氧乙烷灭菌操作人员没有经过消毒管理部门的培训，没有接受系统的环氧乙烷特性与危害教育，只是通过设备供应者的操作示或“师傅带徒弟”的口授后上岗。同时，因管理人员缺乏环氧乙烷相关知识和防护意识，导致多数环氧乙烷消毒室没有配备防护设备和劳保用品，操作人员可能长期暴露在低浓度环氧乙烷环境和慢性接触。由于操作人员无畏，一旦出现环氧乙烷泄漏、中毒和火灾等重大事故就会束手无策。或者因为灭菌后解析时间不够，造成灭菌室内有害气体排放不彻底从而使浓度含量过高。而有害气体报警器，能够当空气中检测到气体浓度过高时，报警器本身可以或者通过控制主机在时间发出报警信号，从而有效的避免空气中的有害气体浓度过高而发生中毒事故。
