利用环境监测管理系统可以加强对环境污染监测数据的处理，能够快速有效的对公共卫生环境进行准确监测，从而使部门对污染源有更全面、更深入与更直观的把握，以提高对环境监测数据分析管理的科技水平。
数据库层
该层包含不同类别的数据库，其完成的功能是将数据采集层采集到的庞大数据信息进行分类储存，储存与各类数据信息相对应的数据库中，以方面功能模块层对其储存的数据进行访问、分析、处理等。环保部门工作人员可通过网络操作网页服务器来处理数据采集层传送的数据，完成公共卫生环境监测系统的各项业务功能。从现场数据采集层传输过来的数据信息，会造成数据积累，庞大的数据信息会导致数据库查询等操作效率降低，因此，设计巧妙的数据库层，提高数据库使用效率，成为该系统设计的一个关键问题。
EMIS特点
1、EMIS将水、大气、污染源等环境监测集中于一体、国家、省、市一级的环保环境监测人员不用在为多年来管理各种水、大气、污染源等等环境监测使用不同的软件及不同系统。方便接入各地方托管站,实现数据统一采集、统计、发布以及远程控制和维护等功能,具有对水质的预警功能。
2、EMIS着重于环境监测和，具有强大的实时控制和实时反制功能，用户可以通过手工或者自动的工作方式实现对监测现场的控制和反制功能。
3、EMIS以B/S（Browse/Server）模式为主体设计模式，用户只需懂得如何上网，不用学习任何运用软件，通过上网就可轻松的实现环保环境的监测管理。
4、EMIS采用的无线/有线数据通信技术,主要运用现今流行的网络平台及GPRS无线数据通讯技术，同时兼容电话线、GSM、CDMA、卫星通讯
功能模块层
该层主要是实现公共卫生环境监测管理系统的各项业务功能，包含系统权限管理功能、环境质量监测功能、污染源的数据管理功能及统计报表功能等。该层中的各个功能模块，通过 API 接口访问储存在各类数据库中的数据信息，由于数据库中的数据信息，数量庞大而且单纯枯燥，需要利用所设计各个模块的功能对数据库中的数据，进行分析识别，以实现各个模块功能。 [3]
Web 界面层
该层主要完成公共卫生环境监测管理系统中与用户交互相关操作，利用浏览器的HTML页面、CSS样式表、页面表单等将用户所需的数据信息展示在用户前面。用户通过浏览器提交HTTP服务请求，通过公共卫生环境监测管理系统数据库对客户请求进行处理，并将处理后的结果返回给浏览器，将简洁易懂的表格或者图形显示给用户。
