在我国一些大中城市的单位采用环氧乙烷灭菌还只是近十几年的事，较多环氧乙烷灭菌操作人员没有经过消毒管理部门的培训，没有接受系统的环氧乙烷特性与危害教育，只是通过设备供应者的操作示或“师傅带徒弟”的口授后上岗。同时，因管理人员缺乏环氧乙烷相关知识和防护意识，导致多数环氧乙烷消毒室没有配备防护设备和劳保用品，操作人员可能长期暴露在低浓度环氧乙烷环境和慢性接触。由于操作人员无畏，一旦出现环氧乙烷泄漏、中毒和火灾等重大事故就会束手无策。或者因为灭菌后解析时间不够，造成灭菌室内有害气体排放不彻底从而使浓度含量过高。而有害气体报警器，能够当空气中检测到气体浓度过高时，报警器本身可以或者通过控制主机在时间发出报警信号，从而有效的避免空气中的有害气体浓度过高而发生中毒事故。
灭菌物品要完全清洗和恰当预湿。消毒清洗是灭菌前不可忽视的一个重要环节，特别是可重复使用的物品与器件，需完全清洁和漂洗，清除黏膜、血迹或其他有机物。任何残留的物质都会阻碍微生物与环氧乙烷气体的有效接触，甚至会使发生保护膜而影响灭菌作用，所以受污染物品必须细心流水清洗后，用酶浸泡>5min。
因为环氧乙烷是一种消毒灭菌效果较好的低温化学消毒剂，常温下穿透作用良好。由于环氧乙烷对畏热、畏湿和畏压的器械和卫生用品无损害，从20世纪50年代起就开始用于医院消毒。目前，发达国家的环氧乙烷灭菌已占灭菌总量的52.2%。
灭菌物品的包装、装载、灭菌处理、菌体外的保护物等也影响灭菌作用。包装材料的外表性质及厚度对灭菌作用有影响，应选用易于环氧乙烷穿透且残留少的材料。虽然环氧乙烷对物品的穿透性强，可以穿透微孔而到达物品的深部，但由于不同的物质致密程度不一样，环氧乙烷气体对它们的穿透力也不一样，所以在挑选消毒或灭菌物品的包装材料时，既要考虑到包装的漂亮、简便、密封、经济等要素，更重要的是要看它是否能被环氧乙烷气体所穿透，从而使包装内容物到达灭菌的要求。
