PRIMERPLEX正版软件云盘 正版软件
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行 业：IT 软件 内网安全软件
发布时间：2021-03-05
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"I found Primer Premier to be very easy to navigate and the tools offered were very valuable. I would recommend it to colleagues. It is one of the better primer design suites available" -Caroline Henderson.
对于SNP的基因型研究，PrimerPlex设计了SNP的旁侧引物。其结果包括每个DNA模板的引物对，包括产品尺寸、退火温度等物理化学寡聚物性能。此外，二级结构的图形显示也可用以帮助确定它们是否会阻碍反应。
PrimerPlex 多重PCR和高通量SNP基因分型和分析的Oligo设计
PrimerPlex是一种、复杂的工具，用于设计oligo并进行多重分析。多重分析促进了单个反应容器中多个目标的扩增，减少了实验的时间和成本。
多重PCR引物设计提出了几个挑战，其中包括引物二聚体、不能分离具有类似的电泳迁移率的扩增子以及由于非特结合非靶标DNA模板导致的引导错误。PrimerPlex使用专有算法，在超过100个序列的均匀反应条件下设计优多重引物集。在池中筛选所有引物后，识别引物，并大限度地减少Tm失配，以确保特定的放大和高信号强度。在这个过程中，它在几秒钟内分析了数百万个可能的多重引物集，并给出了一个备用的列表。您可以在设计的引物对中小产品尺寸差异，以更好地可视化凝胶上的条带。为了保证引物特，引物可以从PrimerPlex对NCBI中任何可用的基因组数据库进行BLAST搜索。
对于SNP的基因型研究，PrimerPlex设计了SNP的旁侧引物。其结果包括每个DNA模板的引物对，包括产品尺寸、退火温度等物理化学寡聚物性能。此外，二级结构的图形显示也可用以帮助确定它们是否会阻碍反应。
多重PCR检测用于基因表达分析（使用凝胶电泳的终点检测），用于高通量SNP应用，如基因分型，用于下一代测序所需的目标浓缩、病原体检测、菌株分型和单倍型分型。PrimerPlex还设计了优等位基因特捕捉探针和Allele Specific Primer Extension (ASPE)引物用于高通量SNP基因型分析。
Oligo Design for Multiplex PCR & High Throughput SNP Genotyping and Analysis
PrimerPlex is an efficient and sophisticated tool for designing oligos for multiplex assays. Multiplex assays facilitate amplification of multiple targets in a single reaction vessel, reducing both the time and cost of experimentation.
Primer design for multiplex PCR presents several challenges which include primer dimers, inability to separate amplicons with similar electrophoretic mobility and mis-priming due to nonspecific binding to non-target DNA templates. PrimerPlex uses proprietary algorithms to design optimal multiplex primer sets under uniform reaction conditions for over 100 sequences. The primer sets are identified after screening all the primers in a pool and minimizing Tm mismatches to ensure specific amplification and high signal strength. In this process, it analyzes millions of possible multiplex primer sets in a few seconds and presents a list of alternate sets. You can specify minimum product size differences amongst the set of designed primer pairs for better visualization of bands on a gel. To assure primer specificity, primers can be BLAST searched from PrimerPlex against any of the genomic databases available at NCBI.
Evaluate Pre-Designed Primers and Probes
PrimerPlex can use pre-designed well proven oligos to build a multiplex set. After specifying the oligos for each sequence, their properties are analyzed and the user is alerted for any deviations so found. For the sequences where pre-designed oligos are not available, PrimerPlex designs them, checks them for multiplexing and highlights compatibility issues if any. The user can then decide to accept the design or create a separate pool. This functionality gives complete control in the hands of the user.
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