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EM菌的基本功能就是造就良性生态土壤环境，改良土壤。只要使用得法，就会与所到之处的良性力量迅速结合，产生抗氧化物质，清除氧化物，消除腐败，抑制病原菌，增强或形成适合于植物生长的良好环境，同时产生大量易被植物吸收的物质，如氨基酸、有机酸、各种Vc、活性激素、抗氧化酵母等使土壤中有益微生物活跃壮大起来，使植物根部活力加强，提高吸收养分的能力。
M稀释液浸种或作基肥有明显的促进种子发芽和苗期生长的作用。经在水稻、玉米、小麦、豌豆、油菜、萝卜、芜菜、烟草等作物上以一定浓度的EM菌液浸种和作基肥，除烟草反应不明显外，其它作物的发芽率和生长速度比对照明显提高。出苗后20一30天测定，单株鲜重和干重均显着增加，幅度为13.0%-71.4%环和5.2%一34.4%。
2 以一定浓度的EM菌液作追肥可提高蔬菜和粮食作物的产量.增产幅度在3.5%-5%。由于土壤有机质含量，施用浓度的不同，增产效果也不同，在一定意义上讲，土壤有机质含量越高，施用浓度较大，增产效果较明显。
3 以EM制作堆肥为底肥结合追施EM稀释液作追肥，分别与以相同原料的传统堆肥和等养分含量的化肥为对照.在小麦、玉米、棉花、水稻等作物上进行试验的结果表明，EM堆肥比传统堆肥明显增产，增产幅度为9.1%一19.6%。随堆肥用量的增加，增产幅度增大;与等营养成份的化肥相比，EM堆肥的增产效果不太明显，在个别条件下甚至有减产趋势。综合分析研究表明，在同等条件下增施EM菌液.均有较明显的增产作用，平均在10%以上;但与化肥相比.情况就比较复杂，一般来说，土壤有机质含量较高，或当年有机肥施用量较大的，施用EM菌略有增产或相当;若有机质含量较低，当年有机质施用量少的情况下，施用EM则往往比化肥减产。
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