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运行方式不同
保证合同以担保主债为目的，其内容体现的是依附被担保的主债，而不追求任何经济利益为目的。保证保险合同是一种财产保险合同，是当事人之间的一种商品交换关系，保险人通过开展保险业务化解和分散商业风险，换取商业利润。
合同的责任性质不同
在保证合同中，保证人承担的是保证责任，保证人履行了保证责任标志着合同目的的实现。同时保证人的保证责任只是一种补充责任，只有在主债务人不履行债务的情况下，保证人才根据债权人的要求承担责任，如债务人已履行债务，则保证责任消灭。在保证保险合同中，保险责任是保险人的主要责任，只要发生了合同约定的保险事由，保险人即应承担保险责任。这种责任因在合同有效期未发生保险事由而消灭。
主体不同
保证保险合同的主体是债权人和保证人，其中对保证人的，除了法律禁止作保证人的情况以外，担保法未予以过多的限制，仅是一般性的规定了应具有代偿能力。保证保险合同的主体包括投保人、被保险人和保险人。其中，投保人和被保险人同时就是买卖合同(或者合同)的买方(或方)和卖方(或方)，保险一方必须是依据保险法取得经营保证保险业务的商业保险公司。
对保证保险合同的性质，理论和实践中存在不同的理解和做法。有人认为保证保险合同是保证合同，是以保险为名，行保证之实。笔者认为，保证保险合同应归类于保险合同，它与保证合同有本质上的区别。
