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发布时间:2022-11-27
降低引物的扩增效率,也需要重新设计并合成引物。3、初次复合扩增时,各个引物在反应体系中的浓度均为μm;之后对引物浓度进行调整,获得进行pcr扩增时各个引物的**佳浓度。经过上述步骤,获得引物组合。引物组合由120条引物组成,用于检测68个基因座。各个基因座的名称、扩增基因座对应的引物名称和引物的核苷酸序列依次见表1中*1列、*2列和*3列。进行pcr扩增时各个引物的**佳浓度见表1中*5列。表1各个基因座对应的引物在hg38人类参考基因组(hg38人类基因组的信息见网址./goldenpath/hg38/bigzips/)中的pcr扩增产物的长度和核苷酸序列详见表2。各个str基因座的pcr扩增产物的长度范围分布见图1。表2三、基于二代测序技术检测68个基因座的试剂盒的制备基于二代测序技术检测68个基因座的试剂盒包括引物混合物;引物混合物由步骤二制备的120条引物混合而成。实施例2、实施例1制备的试剂盒检测标准品2800m的str分型及其应用一、实施例1制备的试剂盒检测标准品2800m的str分型1,河南多组学迈杰转化医学NGS平台创新服务、dna样本准备取标准品2800m,用**纯水稀释,获得浓度为1ng/μl的标准品2800m水溶液。2、pcr扩增以标准品2800m水溶液为模板,河南多组学迈杰转化医学NGS平台创新服务,采用实施例1步骤三制备的引物混合物进行pcr扩增,河南多组学迈杰转化医学NGS平台创新服务,得到pcr扩增产物。 迈杰转化医学严格按照IS013485标准规定建立质量体系。河南多组学迈杰转化医学NGS平台创新服务
三代测序简介1、HelicoBioScience2008年4月,HelicoBioScience报道了单分子测序技术,读取单分子荧光的能力,是***家商业化单分子测序技术的公司,但仪器过于较贵,数据质量较差,于2010年停止运营。2、PacificBiosciences单分子实时技术(singlemoleculerealtime,SMRT)利用单分子技术和DNA聚合酶,在聚合反应的同时就可以读取测序产物,在测序速度、读长和成本方面有着巨大的优势和潜力,但目前读取速度偏低。以对单分子DNA进行非PCR测序为主要特征(二代测序平台基于PCR扩增的信号放大过程),长读长,实时,单分子等,但三代测序基于单分子酶学或者单分子电学,信号容易丢失,通量不高,单碱基的测序成本也居高不下。目前主要有RSII和sequel两款测序仪。3、纳米孔测序OxfordNanopore:纳米孔测序的原理可以简单地描述为:单个碱基通过纳米尺度的通道时,会引起通道电学性质的变化。理论上,A、C、G、T四种不同的碱基由于化学性质的差异,它们穿越纳米孔时引起的电学参数变化量也有差异,检测这些变化量,即可得到相应碱基的类型。 河南多组学迈杰转化医学NGS平台创新服务迈杰转化医学分子平台可以基于成熟的qPCR技术定量检测外源载体拷贝数,应用于药物分布实验如CAR-T等。
染色体STR不属于测序技术的,它是一类分子检测技术,例如Y染色体-STR,一般通过PCR、电泳凝胶结合来分析这段串联重复序列的存在或者多态性,常用来检测性别或亲子鉴定,而不能测出具体的DNA序列信息。测序技术是一代测序(sanger测序)、二代测序(高通量测序)、三代测序(单分子测序)为基础的。二代测序的缺点主要是由其PCR边复制边读取的原理决定的,测序时间长,读长短,末端质量差。三代测序中PacBio实际上就是针对这些缺点的升级,通过巧妙的微孔设计实现单分子读取,而且可以屏蔽游离dNTP的信号,不用每读取一次就要清洗—添加一次dNTP,所以读长比较长,测序速度快。
成纤维细胞生长因子受体(FGFR)在多种恶性**中存在异常***,并与**的发***展密切相关,已成为目前“不限*种”的热点研究靶标之一。至今已有4款靶向FGFR的抑制剂上市:国际***FDA批准的泛FGFR抑制剂为强生的Balversa(Erdafitinib),同时获批的伴随诊断为QIAGENE基于PCR方法的FGFR2/3异常检测;2020年获批的Incyte公司的Pemigatinib为较早胆管*靶向药物,其伴随诊断为FoundationMedicine的FoundationOneCDxNGSpanel,检测FGFR2融合或重排;2021年,又有连续两个药物Futibatinib和Infigratinib获批,***携带FGFR2融合或重排的局部晚期或转移性胆管*患者。伴随诊断和生物标志物的开发和验证,已成为患者分层/富集及药物上市的“标配”。基于综合性转化医学研究平台,迈杰转化医学研究针对FGFR抑制剂的药物临床研究提供从生物标志物检测到伴随诊断产品开发的完整解决方案。 迈杰转化医学具备从样本制备到H&E,IHC、FISH、RNAscope及多重*组化等全套组织病理和分子病理检测能力。
甲基化分析PacBio测序的技术原理可以直接检测到发生甲基化的核苷酸,因此可以在进行其它测序分析的同时完成DNA甲基化的分析。Nanopore技术测序原理将在某一面上含有一对电极的特殊脂质双分子层置于一个微孔之上,该双分子层中含有很多由α溶血素蛋白组成的纳米孔,并且每个纳米孔会结合一个核酸外切酶。当DNA模板进入孔道时,孔道中的核酸外切酶会“抓住”DNA分子,顺序剪切掉穿过纳米孔道的DNA碱基,每一个碱基通过纳米孔时都会产生一个阻断,根据阻断电流的变化就能检测出相应碱基的种类,**终得出DNA分子的序列。Nanopore技术的优缺点Nanopore技术的优点:可以检测结构变异和可变剪切;能直接对RNA分子进行测序;能对修饰过的碱基进行测序;测序读长更长,可以达到150kb;测序数据可以做到实时监控;运行速度快。Nanopore技术的缺点:采用的是水解测序法,不能进行重复测序,因而无法达到一个满意的测序精确度。Nanopore技术的应用基因组组装利用其测序长的特点,可以填补基因组中大片段的gap。临床应用对于临床实践,实时获取和分析DNA/RNA序列是一件很重要的事情,对于传统的高通量测序,做到这一点非常困难,但对于Nanopore技术平台,实现实时获取序列相对容易。 迈杰转化医学具体包括全套的Leica组织样本制备系统,Ventana、Leica、DAKO等全自动*组化仪。湖南多基因联合检测迈杰转化医学NGS平台来电咨询
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h1)str分型;(h2)y-str分型;(h3)个体识别;(h4)亲权鉴定;(h5)种族推断。本发明还保护上述任一所述引物组合或上述任一所述复合扩增体系的应用,可为(h1)-(h5)中的至少一种:(h1)str分型;(h2)y-str分型;(h3)个体识别;(h4)亲权鉴定;(h5)种族推断。上述任一所述68个基因座具体可由amelogenin、dys19、dys385a/b、dyf387s1a/b、dys388、dys389-i、dys389-ii、dys390、dys391、dys392、dys393、dyf399s1、dyf404s1a/b、dys437、dys438、dys439、dys443、dys444、dys446、dys447、dys448、dys449、dys456、dys458、dys459a/b、dys460、dys481、dys485、dys504、dys505、dys508、dys510、dys518、dys520、dys522、dys527a/b、dys531、dys533、dys549、dys552、dys557、dys570、dys576、dys587、dys593、dys596、dys612、dys617、dys622、dys626、dys627、dys630、dys635、dys641、dys643、dys644、dys645、dys710、dys720、y-gata-a10和y-gata-h4组成。其中,amelogenin为性别决定基因座。dyf399s1包含三个分型片段。dys385a/b、dyf387s1a/b、dyf404s1a/b、dys459a/b和dys527a/b均包含两个分型片段。本发明提供的试剂盒可以检测68个基因座。 河南多组学迈杰转化医学NGS平台创新服务
迈杰转化医学中心实验室建立了覆盖全平台检测业务的中心实验室,具备STARLIMS系统,用于样本/数据管理,能够提供分子检测、病理检测、蛋白检测、生物大分子检测以及流式和细胞检测等全平台的服务。已经获的CNAS ISO 17025的认证、美国病理学家协会CAP认证证书,并多次通过NCCL室间质评/CAP PT认证,可以提供高质量的服务,同时建立了样本接收和生物样本库,可以满足各类温度要求的样本保存,满足中心实验室的要求。
按照CNAS、ISO 15189和临检要求,建立的临床检测实验室。可进行泛实体ai、肺ai、胃ai等ai种的检测,2018年12月取得临床基因扩增检验实验室技术审核验收合格证书。