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穴盘苗在种苗生产过程中的工作是水分管理。覆盖物的选择要考虑几个方面：可以提高种子周围的湿度、保持良好的透气能力，以给种子提供足够的氧气。推荐使用大颗粒的蛭石作为覆盖物。3、播瓜类等大粒种子的穴孔基质不可太满；4、避免挤压基质，否则会影响基质的透气性和干燥速度，而且由于基质压得过紧，种子会反弹，导致种子终发芽时深浅不一。注意：打孔的深度要一致，保证播种的深度也一致。
穴盘苗基质在填充前要充分润湿，一般以60%为宜，用手握一把基质，没有水分挤出，松开手会成团，穴盘苗产地，但轻轻触碰，基质会散开。极低的盐分水平，EC要小于0.7（1：2稀释法）；而白色穴盘一般透光率较高，会影响根系生长，所以很少选择白色穴盘。当然白色的泡沫穴盘可以例外。经过清洗穴盘，亦可以重复使用，推荐使用较为安全的季铵盐类，穴盘苗，也可以用于灌溉系统的杀菌除藻，避免青苔滋生。不建议用漂进行消毒，因为氯会同穴盘中的塑料发生化学反应产生的物质。
穴盘苗特别要注意的是北方某些地区，在夏季雨季来临时，地下水的硬度、PH值和EC值都会比往常明显偏高，容易降低磷肥的利用率，并导致缺铁等微量元素缺乏症出现，尤其是使用代森锰锌等含锰的广谱性杀菌剂时更要注意缺铁症的出现和防治。因为铁和锰发生竞争，当基质潮湿且温度低于15°C时，PH值高于6.5，铁将不能有效地被根吸收。EC值，一般不含肥料的灌溉水的EC值要低于1.0ms/cm，矮牵牛穴盘苗，才适宜生产。高浓度可溶性盐类会降低萌发率，损伤根和根毛以及灼伤叶片。不要让穴盘中的基质太干，否则会使根系周围的盐浓度增大3-4倍。一般对于钙镁含量很低的软水，碱度很低，需要使用含有钙镁的碱性肥，穴盘苗，这样可以增加其缓冲能力。如果碱度较高，则不需要使用这类肥料，同时要注意用酸性化肥调节。水分蒸发较慢，蒸腾作用较低，穴盘不易变干。 2、穴孔下半部仍旧有一定湿度。3、第二天需要对幼苗进行施肥。育苗者在天气热的时候，用水流一半的技术，可以有效控制苗的徒长。如果浇水次数过多，那么植物容易徒长，减少基质透气性，对根系造成损伤，从而容易病菌。 温室内浇水是的任务，不应该一个没有经验的人去操作。浇水需要更多的是工人不断主动累计的经验而并非书面或者口头传授的知识。
