进一步明确了出口货物劳务的计税依据
财税[2012]39号文件进一步规范了出口货物劳务的计税依据，即，出口货物劳务的退（免）税的计税依据，按出口货物劳务的出口（外销）、其他普通或购进出口货物劳务的、海关进口缴款书确定。其中新增加海关进口缴款书为计税依据；除此之外财税[2012]39号文件分别就10种业务类型的计税依据分别做了进一步的明确。外贸企业委托加工原规定两种情况，按照通知和公告现在变为一种，计税依据也包含加工修理修配使用的原材料金额，即，财税[2012]39号规定外贸企业出口委托加工修理修配货物退（免）税的计税依据，为加工修理修配费用的金额。外贸企业应将加工修理修配使用的原材料（进料加工海关保税进口料件除外）作价销售给受托加工修理修配的生产企业，受托加工修理修配的生产企业应将原材料成本并入加工修理修配费用开具。
放宽“先退税后核销”生产企业条件
财税[2012]39号取消了“年创汇额3000万美元以上（西部地区2000万美元以上）”限制，这一条可以说放宽力度较大，同时对企业资产进行了更细化的条件“上一年度净资产大于同期出口货物、消费税退税额之和的3倍”，对企业财务制度健全条件变成“已取得一般纳税人”条件。
原税法对外贸企业和生产企业的出口申报期限规定如下：
1、根据原国家税务总局<<关于出口货物退（免）税管理有关问题的通知>>(国税发[2004]64号)*三条规定：出口企业应在货物报关出口之日（以出口货物报关单〈出口退税〉上的出口日期为准，下同）起90日内，向退税部门申报办理出口货物退（免）税手续。逾期不申报的，除另有规定者和确有原因经地市级以上税务机关批准者外，不再受理该笔出口货物的退（免）税申报。
生产企业自营或委托出口货物未按本通知*三条规定期限申报退（免）税的，主管其征税部门应视同内销货物予以征税。对出口企业出口货物纸质退税凭证丢失或内容填写有误，按有关规定可以补办或更改的，出口企业可在本通知*三条规定的申报期限内，向退税部门提出延期办理出口货物退（免）税申报的申请，经批准后，可延期3个月申报。
2、根据原国家税务总局关于外贸企业申报出口退税期限问题的通知(国税函[2007]1150号)规定外贸企业在2008年1月1日后申报出口退税的，申报出口退税的截止期限调整为，货物报关出口之日（以出口货物报关单〈出口退税〉上的出口日期为准）起90天后个纳税申报期截止之日。
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出口申报期限延长至次年4月30日前的各纳税申报期内
出口申报期限的放宽力度大，由原来的大多数90天期限延长至次年4月30日前（货物报关开具《代理出口货物》到次年4月15日前）的各纳税申报期内；据公告申报期限大致分以下几种，逾期不给办理相关手续：
1、需要报关出口，企业应在货物报关出口之日次月起至次年4月30日前的各纳税申报期内，收齐有关凭证，向主管税务机关办理出口货物、消费税免退税申报。
2、其他视同出口货物和对外提供加工修理修配劳务，属于非报关出口销售的，为出口或普通开具之日起，出口企业或其他单位应在次月至次年4月30日前的各纳税申报期内申报退（免）税。
3、输入区域的水电气。企业应在购进货物的开具之日次月起至次年4月30日前的各纳税申报期内向主管税务机关申报退税。
4、委托出口的货物，受托方须自货物报关出口之日起至次年4月15日前，向主管税务机关申请开具《代理出口货物》（附件31），并将其及时转交委托方，逾期的，受托方不得申报开具《代理出口货物》
